Una violenta lucha entre clanes ninja y un amor prohibido se unen en Basilisk: The Kouga Ninja Scrolls! Los clanes Kouga Manjidani e Iga Tsubagakure llevan siglos enfrentados y sólo el pacto Hattori Hanzo mantiene la paz entre ellos. Pero cuando el antiguo shogun, Ieyasu Tokugawa, tiene que decidir quién de sus nietos será el sucesor de su hijo, no se le ocurre mejor manera que con una lucha a muerte entre los dos clanes ninja. Cada uno de los clanes selecciona a sus 10 mejores miembros y los enfrentamientos más despiadados entre las dos facciones están servidos, dando por concluido el pacto de no agresión. Cada enfrentamiento se salda con la sangre del perdedor en un pergamino. Gennosuke del clan Kouga y Oboro del clan Iga estaban destinados a casarse para mantener la paz entre ambos clanes, pero no era sólo un matrimonio de conveniencia, sino que los dos están enamoradísimos. Con la rotura del pacto y con un sangriento enfrentamiento, ¿estarán dispuestos a luchar?